A apresentação de atestado médico importa em suspensão do contrato de trabalho de modo que a rescisão contratual não poderá ocorrer, no nosso exemplo, no 90º dia em razão da licença médica.
Entretanto, o contrato de trabalho não se transforma a prazo indeterminado por ter, em razão do atestado médico, ultrapassado aos noventa dias.
No nosso exemplo, não sendo do interesse do empregador a prorrogação do contrato, ele deverá considerar como rescindido o contrato de experiência no dia seguinte ao final do período da licença médica. Agindo dessa forma, deverá pagar as verbas de rescisão de contrato de trabalho a prazo determinado (salários, férias + 1/3 proporcional, gratificação natalina proporcional e liberação do FGTS pelo código 04) mais o salário dos dias de afastamento médico.
Se não houver a rescisão no dia imediato ao final da licença médica o contrato de trabalho será considerado como transformado a prazo indeterminado. 29/1/2015
Fonte: Jusbrasil-
http://www.cnti.org.br/noticias.htm#Atestado_médico_não_prorroga_o_contrato_de_experiência